Les unités conduisant ces travaux reçoivent un budget récurrent de l'INSERM, et comme les chercheurs appartiennent à l'Institut, leurs salaires sont compris dans son budget. On transmet des projets à l'Agence nationale de la recherche (ANR), qui constitue leur première source de financement, mais qui les sélectionne très sévèrement.
Il n'existe pas de budget dédié à une recherche spécifique sur la fibromyalgie à l'INSERM, et probablement pas non plus à l'échelle gouvernementale.