Le FAFCEA ayant le statut d'association « loi de 1901 », on peut légitimement mettre en question son inclusion dans le champ de l'article 46 de la loi de finances pour 2012 et contester qu'il soit « considéré comme une administration publique ». Son plafonnement est critiquable : aucun autre fonds d'assurance formation de chefs d'entreprise, ni le fonds interprofessionnel de formation des professionnels libéraux (FIF-PL) ni l'Association de gestion du financement de la formation des chefs d'entreprise (AGEFICE) ne sont plafonnés. Le plafonnement mis en place depuis 2015 a d'ores et déjà contraint le FAFCEA à baisser les critères de prise en charge des stagiaires.