Il sera possible d'avoir accès aux données du SNDS directement, mais il sera également possible d'avoir accès aux différentes bases qui le constituent, en particulier le programme de médicalisation des systèmes d'information (PMSI). Aujourd'hui, les accès au PMSI – ce qui suffit à certains utilisateurs – sont organisés par l'Agence technique de l'information sur l'hospitalisation (ATIH), selon des modalités diverses : il est possible d'y accéder directement, ou par l'intermédiaire du centre d'accès sécurisé distant aux données (CASD) du Groupe des écoles nationales d'économie et de statistique (GENES).
Ces accès aux données du PMSI se font aujourd'hui dans l'esprit du nouveau référentiel, avec notamment une traçabilité des accès à distance – le ministère de la santé a mis fin depuis l'année dernière à la distribution du PMSI sous forme de CD-ROM.
L'ATIH a consenti des investissements importants pour assurer ces accès au PMSI, avec de nouveaux serveurs et de nouveaux dispositifs de sécurité.