La lettre-réseau de mai 2012 traduit d'ailleurs un infléchissement de la stratégie d'analyse macroéconomique, tant du point de vue financier que du point de vue sanitaire : le paradigme initial – cibler les contrôles sur les arrêts de plus de 45 jours du fait de leur incidence sur l'outil de production et des volumes financiers concernés – y est relativisé et de nouveaux axes prioritaires de contrôle apparaissent.
Autre question qui n'est pas neutre : celle des ressources humaines affectées au contrôle. Le corps des médecins contrôleurs est vieillissant et pose des problèmes de recrutement. En outre, ces médecins, qui sont souvent affectés à des tâches administratives, consacrent une trop grande part de leur temps de travail à des fonctions d'enquête et d'études épidémiologiques qui les détournent de leur vocation d'origine. Les reconcentrer sur leur coeur de métier – le contrôle sur examen individuel plutôt que sur dossier – permettrait de renforcer l'efficacité du contrôle médical.