Il est évident que ce système entraînera un report des flux vers les routes départementales. Or, aucune compensation n'est prévue pour les départements. Le dispositif conduira aussi certains transporteurs à effectuer des trajets plus longs pour éviter de payer la taxe, ce qui va à l'encontre de l'objectif écologique poursuivi. Enfin, l'écotaxe aura des effets cumulatifs sur certains produits dont il n'est pas opportun d'augmenter le prix en pleine période de crise.