Chaque année les entreprises déclarent leurs résultats et les crédits d'impôt auxquels elles ont éventuellement droit – crédit d'impôt apprentissage ou crédit d'impôt recherche – : de la même manière, elles incluront à leur déclaration le crédit d'impôt compétitivité emploi. L'administration procédera alors à la liquidation de l'impôt en déterminant la somme à imputer sur le montant de l'impôt, le solde étant restitué dans le cas d'une PME, ou reporté sur l'impôt sur les sociétés des trois années suivantes pour les plus grosses entreprises. S'il subsiste un delta, l'entreprise bénéficiera d'une restitution la troisième année. Telle est la mécanique du CICE.