La conduite des programmes d'armement en coopération est un exercice difficile par nature : ces programmes doivent répondre à plusieurs exigences qui sont nécessaires à leur succès. D'abord, ils doivent répondre aux besoins et aux contraintes opérationnels de chacune des armées. Ils doivent également s'inscrire dans le très long terme – le cahier des charges de l'A400M a été écrit en 1984, les premiers exemplaires vont être livrés très prochainement – alors même que les équipements sont technologiquement de plus en plus complexes et qu'ils doivent pouvoir s'adapter aux nouvelles donnes stratégiques et géopolitiques. Une forte volonté politique est donc nécessaire pour qu'ils soient menés à bien de façon satisfaisante. Ils doivent enfin être conduits en cohérence avec les exigences calendaires d'équipement et de renouvellement de matériel des différentes armées, mais également avec le calendrier budgétaire de chaque pays – ce qui aujourd'hui, on le sait, n'est pas si simple. Enfin, il est nécessaire, pour parvenir au succès, de prendre en considération les singularités et les différences culturelles entre pays partenaires mais aussi leurs traditions militaires et leur vision stratégique.
La conduite de ces programmes a parfois connu des dérives résultant d'exigences strictement nationales.
Ainsi, l'hélicoptère NH90 a été développé en vingt-quatre versions pour dix-sept pays partenaires ou clients. Dans le cas de la frégate FREMM, la coopération avec l'Italie a abouti à deux versions du même bateau qui n'ont en commun que 15 % des équipements, et qui sont concurrentes sur le marché de l'exportation. L'harmonisation, entre pays européens, des spécifications opérationnelles et des calendriers de renouvellement des équipements est donc une condition pour engager de nouveaux programmes de coopération dans de bonnes conditions.
Nous avons également constaté que le principe du « juste retour industriel » est trop souvent dévoyé : au lieu de privilégier le meilleur des compétences technologiques et des capacités industrielles, les États exigent souvent un retour industriel à proportion de leur engagement financier programme par programme, contribuant ainsi à accroître les coûts et les délais de livraison. Le principe de « juste retour industriel » ne devrait pas être l'occasion d'acquérir des compétences nouvelles ; il devrait, au contraire, se fonder sur les principes d'efficacité industrielle et de performance économique.