L'article 28 prévoit la mise en place d'un collège des financeurs dans lequel siègent les représentants de l'assurance maladie et de l'État. Son avis sur le modèle médico-économique conditionne l'autorisation du protocole de coopération, afin d'en permettre le financement.
Ce collège des financeurs aura la possibilité d'autoriser un financement dérogatoire des protocoles de coopération qui pourra notamment déroger aux tarifs des honoraires conventionnels ou au paiement à l'acte. Il n'est pas envisageable que de telles dérogations puissent être actées sans aucune concertation avec les professionnels de santé concernés.