Précisons d'abord qu'elles semblent fonctionner très différemment d'un bassin à l'autre et que ces disparités mériteraient d'être étudiées de près.
Les redevances s'élèvent à 2 milliards d'euros en 2011, dont 345 millions pour prélèvement sur les collectivités – aux trois quarts –, l'agriculture et l'industrie ; 8,6 millions pour les autres usages – protection des milieux aquatiques, obstacle sur les cours d'eau ; 1,7 milliard pour pollution et collecte, dont les trois quarts sont versés par les collectivités, essentiellement au titre de la pollution. En 2012, le montant approche pour l'instant 2,2 milliards d'euros.
Quant à la situation financière des agences, leur résultat serait positif, de 47 millions d'euros, au lieu du résultat négatif de 86 millions initialement prévu. L'écart s'expliquerait par le niveau, inférieur aux prévisions, des dépenses d'intervention – en raison du ralentissement des paiements – et des dépenses liées aux redevances.