L'INI et l'hôpital de Percy sont complémentaires : Percy est un hôpital classique ; l'INI une structure plus spécialisée, capable d'accueillir des patients pour de longues durées, et qui a développé un savoir-faire important dans la chirurgie orthopédique et celle des escarres. Les anciens combattants fortement handicapés – notamment les vétérans de la guerre d'Algérie – y font des séjours fréquents, parfois plusieurs fois par an. La complémentarité est également celle des équipes, certains personnels – dont les réanimateurs et les anesthésistes – partageant leur temps entre l'INI et le SSA. Enfin, si l'une relève du service de santé des armées et l'autre du ministère des anciens combattants, les deux dépendent du ministère de la défense, le directeur de l'INI étant d'ailleurs un médecin général du service de santé des armées.