Parce qu'au sein du comité de pilotage, certains scientifiques estiment que le niveau actuel de la population de l'espèce – 800 individus, dont 600 provenant d'élevage salmonicoles, et 200 de pure souche – autorise sa reproduction. Or cette position menace la présence même du saumon dans les eaux de l'Allier : les élus locaux souhaitent, eux, porter la population à 1 600 individus, seuil qui permettrait la survie et la réinstallation de l'espèce. Or ils ne participent pas à la décision, car aucun d'entre eux ne siège au comité de pilotage.