Pour l'élaboration des schémas nécessaires à l'obtention des aides du FED, les pays et territoires d'outre-mer ont peu de ressources en ingénierie et en logistique. Saint Pierre et Miquelon a ainsi recruté des agents supplémentaires à cet effet. Plus la collectivité est petite, plus les moyens sont limités. Les régions ultrapériphériques (RUP) sont des territoires d'une autre dimension en comparaison. Cette problématique rejoint celle, plus générale, de la consommation des crédits des fonds européens dans le cadre de la politique régionale. Les crédits sont difficiles à obtenir, à suivre et à justifier. On s'interroge parfois sur la nécessité de maintenir deux statuts différents – RUP et PTOM. La France a mené cette réflexion et a décidé de conserver le statut de PTOM pour les collectivités d'outre-mer. Il est vrai que les RUP ont un accès aux fonds structurels de la politique régionale ; toutefois on ne peut pas bénéficier de ce statut en maintenant sa propre fiscalité et son régime douanier autonome.