Un problème de financement se pose à court terme, et même dès 2013, puisque la société du Grand Paris voit ses recettes plafonnées dans le cadre général applicable aux opérateurs de l'État. Or, la recette principale de la SGP est la taxe sur les bureaux qui avait été redynamisée en 2010 afin d'assurer justement le financement adéquat de cet opérateur.