Les BII peuvent mener des enquêtes et, si besoin, formuler une demande de perquisition, qui doit être validée par la direction. Les brigades nationales d'investigation (BNI), situées à Pantin, effectuent des recherches, sans aller toutefois jusqu'à la perquisition. Si celle-ci s'avère nécessaire, elles passent le relais aux BII.
Quand un service fait de la recherche de renseignements, il possède une part d'initiative. Par exemple, la découverte d'un véhicule suspect peut déclencher une enquête permettant d'aller très loin. Quand une affaire est anodine, elle peut passer par des rouages administratifs sans remonter au plus haut niveau, à moins que le dossier ne mérite d'être soumis à un visa hiérarchique élevé.
Qu'un enquêteur de Bordeaux disposant d'une information ait eu le réflexe d'examiner un dossier, pour savoir ce qu'on pouvait en faire, n'a rien de choquant. Il l'a gardé sept ans. C'est un peu long, mais il arrive que des dossiers restent longtemps dans nos armoires, parce qu'ils ont une vie faite de contentieux. Quoi qu'il en soit, le transfèrement est tracé, jadis sur le papier, aujourd'hui sur une application informatique. Si le service d'origine avait eu besoin du dossier, il l'aurait réclamé à la BII de Bordeaux.
Depuis 2002, tout étant dématérialisé, les dossiers papiers ne récupèrent plus d'information intéressante. Le dossier ne présentait donc quasiment plus d'intérêt sur le plan fiscal depuis 2005.