La nouvelle rédaction de l'article L. 1115-5 du code général des collectivités territoriales introduit un second alinéa qui affirme une nouvelle fois le principe de l'interdiction faite aux collectivités de conclure des « accords » – terme substitué à celui de « convention » – à l'exception de celui nécessaire à la création d'un « groupement eurorégional de coopération » (GEC), statut mis en place par le protocole n° 3 à la Convention-cadre européenne sur la coopération transfrontalière des collectivités ou autorités territoriales – expression remplaçant celle de « groupement européen de coopération territoriale » (GECT), statut créé par l'Union européenne. Il conserve le principe que la dérogation accordée pour la signature d'un tel accord reste subordonnée à l'autorisation du préfet de région.
Cependant, comme le remarquait le rapporteur du projet de loi de ratification du protocole n° 3 de la Convention du Conseil de l'Europe, « les organismes de coopération transfrontalière et territoriale existants n'ont pas l'obligation de transformer leurs structures pour en faire de nouveaux GEC ; les organismes en place peuvent donc continuer à fonctionner en vertu des dispositions déjà en vigueur. »
En outre, en application de l'article 15 du protocole n° 3, celui-ci n'affecte ni l'applicabilité des traités existants dans le domaine de la coopération transfrontalière ou interterritoriale, ni la possibilité pour les parties de conclure de nouveaux traités sur la question.
En prévoyant l'interdiction de la signature de tout accord avec un État étranger sans que les deux exceptions – GECT ou GEC – soient concomitantes, cette rédaction fragilise la base légale en droit interne des GECT existants sans pour autant interdire l'utilisation de cette structure juridique, le règlement européen prévalant sur toute disposition contraire.
En outre, l'interdiction générale réaffirmée par l'article L. 1115-5 a fait l'objet de dérogations, notamment au profit des départements d'outre-mer, prévues par d'autres dispositions légales. Ainsi, la loi de 2011 relative aux collectivités territoriales de Guyane et de Martinique a prévu, à compter de leur mise en place, que les autorités de la République peuvent autoriser les exécutifs des collectivités territoriales concernées à négocier et à conclure des accords avec un ou plusieurs États ou territoires voisins. Il conviendrait que ces possibilités ne soient pas remises en cause par l'affirmation postérieure d'un principe en contradiction avec ces dispositions.