Il faut d'abord rappeler deux données de base. Tout d'abord, un projet normal de l'ANR représente 300 000 euros sur trois ans, tandis qu'un LABEX représente 10 millions d'euros sur dix ans. Ensuite, une fois le PIA2 entré en régime de croisière, en 2014 ou 2015 par exemple, les moyens de l'ANR issus du PIA représenteront probablement plus des deux tiers des moyens répartis par l'ANR une année donnée.
Lors du lancement du PIA1, ceux des grands programmes qui étaient gérés par l'ANR, comme les LABEX et EQUIPEX, s'apparentaient aux programmes blancs de celle-ci. En effet, ils n'étaient pas thématisés. À l'époque, il s'agissait de donner aux meilleures équipes françaises des moyens supplémentaires pour être à armes égales dans la compétition internationale, et donc de faire sortir ces équipes pour toutes les thématiques, sans limitation. C'est aujourd'hui que se posent des problèmes prégnants de programmation thématique.
La deuxième vague des EQUIPEX a accordé un plus grand intérêt à certaines thématiques qui n'avaient pas été assez soutenues durant la première vague. En prévision du nouvel appel à projets pour EQUIPEX qui sera lancé en 2015, la loi de finances prévoit tout au long de l'année 2014 une concertation en amont, notamment avec les alliances, afin de définir les thématiques sur lesquelles il convient désormais de mettre l'accent. Ce travail est d'autant plus important que devraient être publiées en 2014 les priorités de la stratégie nationale de recherche.