La CNIL a étudié de près la question des données personnelles collectées. Les personnels d'Ecomouv' qui ont à connaître de ces données individuelles sont agréés par le STPL, conformément à un arrêté du ministre chargé des douanes. Quant à la relation entre Ecomouv' et les SHT, elle relève d'un contrat de droit privé. Le cahier des charges impose néanmoins que les données soient sécurisées et qu'elles ne puissent être ni modifiables ni réutilisables à d'autres fins que la transmission au contribuable qu'elles concernent.