Les investissements d'avenir ont marqué une rupture avec les dispositifs antérieurs qui tendaient à octroyer une rente aux équipes supposées d'excellence, reconnues par les grands établissements et portées par des personnalités scientifiques. Le mode de sélection, qui a parfois choqué – le cas de Saclay est souvent cité comme exemple –, a permis de retenir les projets sur d'autres critères.