Le texte d'orientation publié conjointement par la ministre de l'enseignement et de la recherche et le commissaire général à l'investissement, M. Louis Gallois, le 28 mars dernier est parfaitement clair sur ce point : les projets Programme d'avenir Lyon Saint-Étienne (PALSE) et Hautes Etudes-Sorbonne-Arts et Métiers (HESAM) devront faire acte de candidature. Ils devront fournir, en 2015, une pré-proposition – dont tiendra lieu leur dossier de fin de période d'évaluation – puis une proposition en 2016.
Quant aux Idex retenus dans le cadre du PIA 1, ils pourront, à l'issue de la sélection, soit se voir attribuer définitivement leur dotation, soit voir celle-ci réduite, sachant que, dans un souci de cohérence et de visibilité, c'est le même jury qui statuera sur les Idex de première génération en fin de période probatoire et sur les projets d'Idex liés au PIA 2.