La conception de Cigéo s'attache à séparer physiquement la partie en exploitation nucléaire – qu'elle soit en surface ou en profondeur – de la partie souterraine en chantier : les ventilations sont indépendantes, de même que les flux de personnes et de matériaux. Il n'y aura pas de connexion entre les deux.
Concernant l'installation nucléaire de surface, un important travail d'optimisation est en cours, si bien que la hauteur des bâtiments serait plutôt de 15 à 20 mètres. Ils seront semi-enterrés, afin de limiter au maximum l'impact visuel, et leur taille sera étroitement liée au flux de colis que l'on nous demandera de prendre en charge, flux que les producteurs s'efforcent de lisser. Il sera tenu compte du résultat de ce travail d'optimisation dans le chiffrage remis à l'été 2014.