Dans la plupart des gares situées hors des grandes métropoles, les TER représentent l'essentiel de l'activité. Pour répartir les coûts, la SNCF décompte le nombre de voyageurs transportés respectivement en TER et en trains de grandes lignes, puis calcule des prorata approximatifs. En réalité, c'est l'activité TER qui finance l'activité TGV, et ce sont donc les régions qui financent les coûts de fonctionnement des gares. La SNCF ne pratique guère la comptabilité analytique, ou se garde de transmettre ses chiffres.