La directive 201234UE impose l'indépendance du gestionnaire d'infrastructure vis-à-vis de l'État pour l'organisation et la gestion des fonctions essentielles : l'État ne peut pas avoir pour mission d'assurer, comme le prévoit le projet de loi, « la permanence opérationnelle du système et la gestion des situations de crise ayant un impact sur son fonctionnement ». Ces missions touchent à la gestion des fonctions essentielles, qui doivent être exercées exclusivement par SNCF Réseau.