En poussant la réflexion jusqu'au bout, on peut se demander quelle sera réellement l'indépendance de l'ARAF puisque, comme le prévoit le texte, l'EPIC de tête sera présidé par le président de la SNCF, et l'ARAF, indirectement, par le biais de l'homologation, par le ministre des transports.