L'ARAF est un régulateur et non un conseil supérieur : c'est ce qui fait toute sa différence avec le CSA.
La mission de l'ARAF, issue de la transposition d'une directive européenne, est de veiller à l'égalité et à l'équité d'accès au réseau ferroviaire des nouveaux entrants par rapport à l'entreprise historique. L'ARAF doit veiller en particulier à la stricte indépendance de l'attribution des sillons et au caractère équitable et non discriminatoire de l'ensemble des tarifications des infrastructures et des équipements existants sur le réseau ferré entre les nouveaux entrants et la SNCF. Contrairement au CSA, l'ARAF n'a ni pouvoir réglementaire ni prérogative éthique.