L'article 13, alinéa 5, de la Constitution donne compétence au législateur organique pour déterminer « les emplois ou fonctions, […], pour lesquels, en raison de leur importance pour la garantie des droits et libertés ou la vie économique et sociale de la Nation, le pouvoir de nomination du président de la République s'exerce après avis public de la commission permanente compétente de chaque assemblée ». Or les structures qui seront mises en place dans le cadre de la loi portant réforme ferroviaire relèveront bien des dispositions de l'article 13. Il est donc impossible d'envisager que les commissions parlementaires soient exclues de leur pouvoir de contrôle sur des nominations d'une telle importance.
L'ARAF sera du reste chargée de rendre un avis conforme sur la nomination du président de SNCF Réseau, qui sera aussi le vice-président du directoire. L'ARAF n'est donc pas exclue du dispositif.