Le conseil de la CNSA est faible en raison de sa composition et de la prépondérance des voix accordées à l'État. Un vote mettant en minorité l'État secourait la tutelle. Ce cas de figure est déjà arrivé par deux fois, au prix d'alliances politiques et de rassemblements très larges.
Quant au rôle du CNSA, la création des ARS a induit un filtre entre les départements et la CNSA, ce qui l'empêche d'approcher le terrain.
La prochaine réforme territoriale, avec l'évolution des compétences des conseils généraux, qui pourrait avoir pour conséquence que des missions soient remplies par des structures différentes selon les départements, risque de susciter des difficultés et des différences de traitements selon les territoires, notamment dans le financement de l'APA ou de la prestation de compensation du handicap (PCH).