Il faut comparer ce qui est comparable, car il s'agit de deux systèmes industriels différents.
Le coût de fabrication du MOX, composé en partie de plutonium, est significativement plus élevé que celui du combustible réalisé à partir d'uranium naturel. Mais le plutonium lui-même est obtenu sans coût supplémentaire, puisqu'il s'agit d'un sous-produit de la combustion de l'uranium. En outre, dans la mesure où le traitement des combustibles usés est considéré essentiellement comme un moyen de limiter le volume des déchets radioactifs ultimes, son coût est intégré au coût complet du combustible. Dès lors, si l'on tient compte de toutes les étapes de la chaîne de production, en amont – achat, conversion, enrichissement et fabrication pour l'uranium naturel, fabrication seulement pour le MOX – et en aval – retraitement –, le coût de l'uranium et celui du MOX apparaissent équivalents.