La finalité des deux procédures est différente : l'agrément du transporteur vise à contrôler les conditions d'exercice aussi bien quant à la sécurité des véhicules qu'à la compétence des professionnels. On évalue la capacité à rendre une prestation de service de qualité, le conventionnement porte uniquement sur les conditions de prise en charge par l'assurance maladie des frais de transports engagés.
Lier la perte de conventionnement et la perte d'agrément risquerait de rigidifier le système mais on pourrait envisager que les caisses primaires reçoivent délégation de pouvoir de l'ARS pour être responsable des deux procédures.