L'analyse réalisée sous l'égide du Centre de recherche en économie et statistique – CREST – reprenait un périmètre de coûts dissymétrique entre Pôle emploi et les opérateurs privés. En effet, le point de vue adopté n'était pas celui de la collectivité, mais celui de Pôle emploi.
Par ailleurs, l'évaluation de la différence de performance a tenu compte des coûts de gestion, mais aussi des indemnités versées pendant l'accompagnement et au-delà, sur une période de deux ans et neuf mois. La différence de performance tenait moins aux coûts de structure qu'au montant des indemnités versées. La Cour s'est donc demandé si les évaluateurs avaient pu ou non neutraliser des potentiels d'indemnisation différents dans la constitution des cohortes. De fait, des travaux statistiques ont été menés en vue de comparer des cohortes comparables et la question du potentiel d'indemnisation peut jouer, car elle est un facteur important de l'évaluation de l'efficience pour cette étude. Ce sont là des points sur lesquels le rapport reste quelque peu dubitatif.