Cette chaîne vient d'être décrite par notre président-directeur général, M. Bruno Sainjon. Tout commence par un projet soumis à l'équipe programme mixte par des industriels associés. L'intérêt du PIA a été d'amener des industriels – les grands industriels du secteur aéronautique : Airbus, Safran, Thalès, Dassault – à s'associer entre eux, même s'ils n'avaient pas l'habitude de travailler ensemble. Il leur a été demandé de passer des accords de coopération pour que les projets soient conjoints. Une fois le projet déposé par les industriels, il est instruit par l'équipe programme mixte – au départ essentiellement la DGAC, pour l'analyse de l'incitativité du soutien, et la DGA, pour l'analyse de la partie plus technique et la vérification de l'historique de certains projets, afin d'éviter qu'ils soient redondants avec d'autres et de s'assurer qu'ils ne bénéficient pas d'autres financements par ailleurs. Une fois achevée, l'instruction est présentée au CGI : le CGI conduit alors des échanges avec l'équipe programme mixte, mais aussi directement avec les industriels ; le CGI peut au passage s'assurer aussi de l'indépendance de l'équipe programme mixte.
Une fois la décision prise, la contractualisation est effectuée directement entre les industriels et l'équipe programme mixte. La convention entre l'État et l'opérateur prévoit cependant une information préalable du CGI lorsque la convention dépasse un certain montant.