La création du PIA a été concomitante à la réorganisation du CNRS, en 2010, et à ma prise de fonctions.
L'orientation de politique scientifique que je voulais donner, et que j'avais présentée à la ministre de l'époque, était celle d'un rapprochement stratégique avec les universités, avec lesquelles les relations du CNRS étaient globalement difficiles alors même que les laboratoires soutenus par le CNRS, les Unités mixtes de recherche (UMR), étaient pour l'essentiel hébergées par les universités et les écoles.
Ces difficultés relationnelles, a priori paradoxales, ont en réalité pour origine la double distinction qui marque l'enseignement supérieur et la recherche français : celle entre universités et grandes écoles, d'une part, et celle entre université et grandes confondues et recherche, de l'autre. Il faut y ajouter la très grande dispersion des structures d'enseignement supérieur, voire de recherche, y compris au sein de ce que nous avons très vite appelé des sites, un site étant, pour parler vite, un grand ensemble métropolitain académique, au sein duquel établissements d'enseignement supérieur et organismes de recherche sont présents.