Pendant deux ans, l'ANR s'est trouvé submergée par les dossiers. Pour pallier à l'engorgement des procédures normales, des systèmes d'avance de fonds ont dû être mis en place en vue de la création de certains LABEX. Par ailleurs, si c'est à l'ANR que les porteurs de projet avaient affaire, il faudrait analyser l'ensemble du système pour savoir si la complexité des demandes émanait vraiment de l'ANR elle-même : sa convention avec l'État la contraint elle aussi à un reporting extrêmement précis.
Si la complexité des procédures a retardé les projets d'un an, les leçons de l'expérience ont bien été tirées, puisque les dossiers à fournir pour les LABEX et les EQUIPEX du PIA 2 ont été considérablement simplifiés. D'autres améliorations, comme l'infocentre que doit constituer l'ANR, devraient venir s'ajouter à ces évolutions.