Un autre élément régulièrement abordé, en particulier par les présidents d'université, est que le financement nécessaire pour faire tourner un LABEX ou un EQUIPEX est en réalité toujours supérieur au financement qui peut être obtenu à la suite de la présentation et de la validation du dossier. Dans ces conditions, un projet lauréat du programme d'investissements d'avenir génère des coûts de structure pour l'établissement au sein duquel il est inséré. C'est notamment l'analyse du président de l'université de Strasbourg, Monsieur Alain Beretz.