En effet, l'ISF pose problème aux tranches moyennes des contribuables qui y sont soumis – à distinguer des tranches moyennes des contribuables soumis à l'impôt sur le revenu.
À la différence de la holding pure, la holding animatrice est définie comme animant ses filiales et participant activement au contrôle de celles-ci. Cette notion conditionne une série d'avantages fiscaux. Ainsi, les participations que le contribuable détient dans l'entreprise dans laquelle il travaille sont en principe exonérées d'ISF s'il s'agit de son outil de travail. L'exonération n'est pas applicable à une holding pure ; on accepte cependant un degré de superposition où l'outil de travail est directement détenu via une holding non active. Si la superposition de deux holdings pures fait tomber le bénéfice de l'exonération d'ISF, il reste possible d'avoir une holding pure au dernier étage, une holding animatrice et une société opérationnelle.
La définition du rôle de holding animatrice a été codifiée pour une série de dispositifs, notamment ceux applicables en matière de souscription au capital de PME ; en dehors de ces cas, on ne dispose que d'une définition donnée par la doctrine. Or les récents revirements de position et contrôles fiscaux montrent la fragilité de cette notion qu'il conviendrait de sécuriser. En effet, pour un patron d'entreprise, savoir si son outil de travail est ou non exonéré d'ISF représente un enjeu financier important, d'autant que le délai de prescription est dans ce cas de six ans et non de trois ans.
Il en va de même des « pactes Dutreil » qui permettent, sous certaines conditions, d'exonérer d'impôt 75 % de la valeur des entreprises transmises. Le dispositif est applicable aux sociétés superposant deux holdings pures, mais au-delà de deux niveaux de superposition, il faut pouvoir démontrer que les détentions faites via des holdings animatrices répondent bien à cette qualification. Les enjeux sont là aussi considérables : lors de la donation d'une entreprise, si l'on considère celle-ci comme une holding animatrice, on paie des droits à hauteur de 25 % de sa valeur ; en cas de contrôle fiscal et de requalification, on peut se voir obligé de payer des droits portant sur 75 % de cette valeur, avec un taux d'imposition de 45 % – une situation intenable. Il est donc impératif de préciser la définition. Actuellement, les positions divergent sur ce sujet, le débat portant sur la définition du contrôle des filiales par les holdings animatrices ainsi que sur la possibilité d'une double animation, souvent contestée alors qu'elle représente une réalité dans toutes les entreprises à deux branches familiales. Il est dommage que la structuration juridique de certaines opérations n'obéisse qu'à des objectifs fiscaux et non aux impératifs économiques.