J'ai été auditionné en 2012, peu après ma prise de fonctions, et le rapport de la Cour porte sur l'année 2011.
Les principales constatations de la Cour des comptes ont porté sur l'absence de pouvoir d'arbitrage budgétaire et décisionnel. Il faut savoir que, si je dépends du Premier ministre, je ne suis pas membre de son cabinet. J'ai sa délégation pour signer différents documents mais je ne saurais arbitrer une réunion interministérielle.
La Cour des comptes a souligné également que le secrétariat général de la mer est trop dépendant des administrations dans la mesure où les chargés de mission sont, pour la plupart d'entre eux, mis à disposition, en particulier par les ministères chargés de la Défense, de l'Écologie ou des Douanes. Ils restent donc payés par leur administration d'origine. Seul le secrétaire général et les assistants et chauffeurs émargent au budget de la direction des services administratifs et financiers du Premier ministre. Ce système manque de souplesse : je ne peux pas choisir mes collaborateurs. Une des préconisations de la Cour des comptes était donc d'inscrire dans le budget du Premier ministre des équivalents temps plein (ETP) au bénéfice du secrétariat général de la mer. J'ai eu l'accord du secrétaire général du Gouvernement : je pourrai en 2015 transformer quatre emplois en emplois « Premier ministre ». Cette politique sera poursuivie en 2016 : le secrétaire général de la mer aura enfin la capacité de recruter lui-même ses collaborateurs.
Je tiens à noter qu'un ministère de la mer de plein exercice ne pourrait pas traiter de la totalité des sujets maritimes, notamment en matière énergétique ou industrielle. La principale faiblesse du SGM est de n'être pas membre d'un cabinet, contrairement au secrétaire général des affaires européennes (SGAE), qui est en même temps membre du cabinet du Premier ministre. Si le secrétaire général de la mer était également le conseiller « mer » du Premier ministre, il serait plus proche de la décision. En effet, chaque ministère fonctionne avec son propre cabinet qui entretient des relations de travail avec celui du Premier ministre. La faiblesse du SGM est d'être trop éloigné de la décision : le véritable pouvoir est situé dans les cabinets.