Ce sont les frais d'arrangement d'opération, liés au coût de courtage pris par les arrangeurs d'opération puisque les banques assistent les établissements hospitaliers pour émettre les obligations et les distribuer aux investisseurs institutionnels. Les frais annexes payés par les hôpitaux sont les frais des agences de notation et les frais d'avocat. S'agissant des frais de notation, par exemple, les coûts globaux sont inférieurs à 100 000 euros pour une émission obligataire d'une centaine de millions d'euros. L'AP-HP a payé ses frais juridiques en une seule fois, ce qui lui permet d'aller régulièrement sur le marché sans surcoût. Les émissions groupées des CHU, qui ne sont pas solidaires, ont en revanche donné lieu à un nouveau contrat juridique à chaque émission.