La procédure pénale prévoit qu'en matière de terrorisme l'application des peines soit centralisée à Paris, avec avis simple du juge de l'application des peines territorialement compétent.
Cet article est contraire à l'individualisation des peines et marque une défiance vis-à-vis des juges. S'il se conçoit qu'en matière d'investigation et de jugement une spécialisation puisse être nécessaire, cela ne se comprend pas en matière d'application des peines. Par ailleurs, le parquet garde toujours la possibilité de faire appel d'une éventuelle libération conditionnelle.
De plus, la centralisation de l'application des peines alourdit la gestion des détenus répartis sur l'ensemble du territoire.