La coopération locale dépasse le cadre strict des comités d'orientation. Il y avait déjà, au temps d'Oséo, des projets d'investissement local, en matière d'innovation. Bpifrance agit dans ce domaine comme partenaire de l'État, ou comme partenaire des collectivités territoriales, qui confient à l'État des fonds en gestion, notamment pour des projets d'innovation. Elle participe aussi à la constitution de fonds régionaux de capital investissement. La coopération territoriale va donc au-delà des aspects de gouvernance.