Auparavant, le paiement, annuel, trimestriel, voire mensuel, dépendait du rythme d'amortissement du crédit : la commission était prélevée à chacune des échéances. Désormais, à savoir depuis une dizaine d'années, le prélèvement est effectué lors du déblocage des fonds. Cette modalité de prélèvement a été décidée avant la création de Bpifrance.