Les partenaires conventionnels n'ont pas souhaité intégrer d'éléments relatifs aux arrêts de travail dans ces contrats. On peut comprendre le caractère sensible de ce sujet : les médecins sont réticents à rentrer dans une logique de rémunération en échange d'une diminution du nombre d'arrêts de travail prescrits et ils craignent que la rémunération de la performance ne soit déviée vers la recherche de la seule performance ou d'une logique de rationnement des soins.