Les CFA doivent avoir des comptes séparés mais effectivement, lorsque l'un d'entre eux est déficitaire, c'est la CMA qui abonde son budget. Cependant en principe, le coût des CFA a été pris en compte dans le calcul des prélèvements sur fonds de roulement.
De même que les commissaires aux comptes formulent davantage de réserves sur les comptes des CMA que sur ceux des CCI, de même, les observations des chambres régionales des comptes concernent davantage la gestion des CMA que celle des CCI : absence de contrôle interne effectif, non-présentation de budget séparé pour les CFA dans certains cas ou bien budgets devant être rendus exécutoires par le préfet, notamment pour retard de production.
Enfin, il est encore moins fait référence à la réforme de juillet 2010 dans les rapports des CRC sur les CMA que dans leurs rapports sur les CCI. Toutefois, la CRC d'Ile-de-France souligne, dans son rapport de septembre 2014 sur la CMA de Paris, que « la mutualisation entre les CMA de la région est bien trop lente au regard des enjeux ». En revanche, elle indique, dans le cadre de son contrôle de la CMA de Seine-Saint-Denis, que le COM pour la période 2014-2017 est en cours d'élaboration, ce qui devrait donner davantage de lisibilité à la gestion.