En ce qui concerne les bases de défense, la Cour a effectivement critiqué leur nombre trop élevé et proposé, via une meilleure mutualisation des moyens, de passer de 50 à 20 bases. Elle suggérait aussi que l'on supprime les états-majors intermédiaires alors que ceux-ci ont plutôt été renforcés. Le principal intérêt de l'évolution que nous proposions était de constituer des entités plus grosses avec lesquelles le dialogue aurait pu être plus direct. La Cour recommandait aussi de renforcer les pouvoirs des commandants des postes de défense et de professionnaliser la fonction financière du ministère, de manière à mieux suivre la gestion de la dépense.
En matière de masse salariale, le ministère dépasse chaque année ses objectifs d'évolution. Les dysfonctionnements récurrents du logiciel unique interarmées à vocation de la solde – LOUVOIS – témoignent du manque de maîtrise des procédures de paie.