L'AUF a cinq sources de financement. Elle reçoit d'abord des contributions gouvernementales, qui sont en baisse de plus de 25 % par rapport à 2006, essentiellement du fait de la France.
Deux ministères français lui versent une subvention. La subvention prépondérante vient du ministère des Affaires étrangères et s'élevait en 2006 à 29,2 millions d'euros ; celle du ministère en charge de l'enseignement supérieur et de la recherche s'établissait la même année à 2,4 millions d'euros. Le montant total pour les deux ministères a fondu depuis cette date, puisqu'il ne s'établit plus qu'à 22,1 millions d'euros en 2015, soit une perte importante d'une dizaine de millions d'euros. La France demeure cependant la principale contributrice, comme État, au budget de l'AUF, également alimenté par le Canada – État fédéral et provinces –, par la Belgique et par la Suisse.
L'AUF tire en outre des revenus des projets qu'elle développe à la demande ou des appels d'offres auxquels elle répond. Ayant connu une progression importante, ces contributions contractuelles s'élevaient à 798 000 euros en 2006 et sont estimées aujourd'hui, dans notre budget prévisionnel, à 4,5 millions d'euros, soit une augmentation de 460 %. L'AUF dispose en outre de ressources propres, que sont les cotisations de ses membres. Leur produit s'élevait à 500 000 euros en 2006. Il s'établit en 2015 à 1,3 million d'euros, du fait d'une hausse des cotisations – la dernière ayant été adoptée en 2013 et étant entrée en vigueur en 2014 –, mais aussi d'une augmentation du nombre d'universités adhérentes.
À cela s'ajoutent les produits financiers exceptionnels, issus du placement de la subvention du ministère des Affaires étrangères. Versée d'un coup en avril, elle constitue un excédent de trésorerie pour une bonne partie de l'année ; celui-ci génère 150 000 euros de revenus annuels.
Ensuite, le budget de l'AUF prend en compte les biens et services à titre gratuit, en chiffrant la valeur représentée par les locaux gratuitement mis à disposition des campus numériques par les universités partenaires. À peu près constant sur dix ans, ce montant s'élève à 2,2 millions d'euros. Ce chiffre comprend aussi, pour un montant de 500 000 euros, le personnel mis à disposition par les universités.