Les mutuelles de la fonction publique – d'État, territoriale ou hospitalière – posent des questions à la fois semblables et différentes.
Ces mutuelles sont plus puissantes. Historiquement, elles représentent un réseau antérieur à la création de la sécurité sociale – les mutuelles étudiantes ont été créées seulement après en 1948, afin de gérer le régime étudiant. Le compromis de 1945, qui a présidé à la création de la sécurité sociale, a permis aux mutuelles de la fonction publique de gérer le régime obligatoire de l'assurance maladie et, dans le même temps, de développer une offre de couverture complémentaire, ce qui présentait l'intérêt pour les fonctionnaires de s'adresser à une seule caisse et de recevoir un seul décompte de remboursement. Pour autant, ces dispositifs connaissent aujourd'hui des difficultés.
Ces difficultés sont, pour partie, du même ordre que celles des mutuelles étudiantes. D'abord, la qualité de service est très inégale, certaines mutuelles fonctionnant bien, d'autres beaucoup moins.