Lors du contrôle de la Cour, certaines mutuelles présentaient une qualité de gestion satisfaisante à l'inverse d'autres. Parmi celles dont la qualité de gestion et de service était beaucoup moins satisfaisante, l'exemple le plus marquant était la mutuelle de la Ville de Paris, avec un accueil des usagers très limité, des délais de traitement des dossiers particulièrement longs par rapport aux autres mutuelles et au réseau de la CNAMTS notamment en raison d'une gestion artisanale, qui privilégie le format papier et présente peu de réactivité dans la réponse aux usagers.