Il existe une trentaine de mutuelles de la fonction publique – une vingtaine pour les fonctionnaires d'État, une dizaine pour les agents hospitaliers et territoriaux. Les situations sont assez différentes.
Du fait de l'évolution des systèmes d'information, le couplage du remboursement des dépenses du régime obligatoire et du régime complémentaire, qui était l'un des avantages du système des mutuelles de fonctionnaires, tend à disparaître. En effet, l'assurance maladie a développé une logique un peu autonome, dont se plaignent les mutuelles, logique nouvelle à l'origine de cette tendance à la dissociation de ces deux remboursements. En principe, un système de normes permet de faire le lien entre part obligatoire et part complémentaire. Néanmoins, un certain nombre de dysfonctionnements ont, en effet, été constatés.