Il arrive en effet que dans le cadre du suivi d'un arrêt de travail, le médecin conseil diagnostique une pathologie relevant plutôt de la maladie professionnelle.
S'agissant de l'accident du travail, la difficulté ne vient pas seulement de l'imputabilité des faits mais aussi de leur matérialité, compte tenu de la place grandissante tenue par les risques psychosociaux. Prenons l'exemple d'un assuré mis en arrêt maladie en raison d'une dépression survenue à la suite d'un conflit avec son patron : dans une telle situation, relativement courante, le médecin conseil n'est pas en mesure de juger les faits, auxquels il n'a pas assisté ; il ne peut que procéder à un constat d'ordre médical.
Cela étant, lors du suivi d'un arrêt de travail, le rôle du médecin conseil est de signaler au patient, le cas échéant, que la pathologie dont il souffre relève d'une maladie professionnelle et peut donc faire l'objet d'une déclaration à ce titre – du moins si elle répond à certaines conditions administratives et médicales, relatives par exemple à la durée d'exposition au risque. Le médecin conseil oriente l'assuré, mais ne peut se substituer au patient pour effectuer la déclaration. Il ne lui appartient pas non plus d'effectuer le certificat de première constatation médicale : pour ce faire, l'assuré devra se tourner vers son médecin traitant.