Le problème est moins l'exonération de taxe foncière que la TVA.
Dans le domaine considéré, en effet, il existe une équivalence commerciale, de sorte que si la collectivité met les bâtiments en affermage, par exemple, elle devrait récupérer la TVA dès lors qu'elle la refacture sur les loyers. Mais, les médecins n'étant pas soumis à la TVA, il n'est pas non plus possible d'y soumettre les loyers, donc d'en récupérer directement le produit. Pour que la TVA soit récupérable, il faudrait donc que ces investissements soient éligibles au fonds de compensation pour la taxe sur la valeur ajoutée (FCTVA) ; or ils ne le sont pas. Ce qui surenchérit d'environ 20 % le coût de fabrication des maisons de santé – sauf lorsque celles-ci sont situées en zone de revitalisation rurale (ZRR), ainsi que le Sénat en a décidé il y a quelques années. Cette dernière exception explique d'ailleurs que ce soient souvent des communes ou des blocs de communes rurales qui s'engagent dans ce type d'opérations.