Aujourd'hui, nombre de ceux qui exploitent des méthaniseurs sont confrontés à des difficultés du fait d'une fiscalité qui diffère selon le statut des exploitants. Les coopératives d'utilisation de matériel agricole (CUMA) ont pu également exploiter des méthaniseurs dans un esprit collectif, sous le statut de société par actions simplifiées (SAS) ou de SARL, parce que cela simplifiait les choses. Elles sont aujourd'hui pénalisées. Il est urgent de régler durablement ce problème.