Le périmètre des établissements publics territoriaux de bassin est aujourd'hui limité à la gestion de l'eau, y compris la prévention des inondations depuis la loi du 27 janvier 2014 sur la modernisation de l'action publique territoriale et de l'affirmation des métropoles.
Il n'est pas souhaitable de multiplier les acteurs chargés des missions de préservation de la biodiversité aquatique, à l'heure où le gouvernement manifeste sa volonté de simplification administrative.